虹吸式馬桶的工作原理，是借沖洗水在便器的排污管道內充溢水后構成的虹吸現象，將污物排走。虹吸水便器的構造特性是便器體內有一個完好的管道。外形呈側倒狀“S”形，應用給水時的水位差促進虹吸作用的構成，由于不借水力沖走污物，所以池壁坡度較緩，池底也擴展了存水面積，排污過程也就相對較慢。虹吸式馬桶的管道走得相對較高，且管道較細長，這也是虹吸馬桶沖水安靜的原因之一。而管徑越小，虹吸效果越明顯，抽水力度就越大。
噴射虹吸式馬桶：這是一種虹吸式便器的改進型，其結構特點是在虹吸式便器的基礎上增設一個噴射附道，噴射口對準排污管道入口的中心，噴射口徑通常為20毫米。水箱供來的水通過水圈時，部分由分水孔流出清洗池壁后落入池內，部分經過噴射附道由噴射口射出。其作用是借其較大的水流沖力將污物排入排污管道內。同時借其大口徑的水流量加速充滿排污管道以促進虹吸作用加速形成，由于其噴射流是在水下進行的，因此減少了噪聲。此種產品在設計上，有意識地擴大了存水面積，限制存水深度，因此防臭、防濺效果佳。
漩渦虹吸式馬桶：利用沖洗水從池底排污孔的側上方噴出形成漩渦，隨著水位的增高充滿排污管道，當便池內水面與便器排污口形成水位差時，虹吸形成，污物隨之排出，其結構與其他虹吸基本相似，只有供水管道設于便池下部，并通入池底，這種便器最大的優點就是利用了漩渦和虹吸兩種作用，漩渦使其周圍的水面產生強大的向心力，使上面的液體和污物迅速地被卷入漩渦中，又隨虹吸的生成而排走，因此排污過程迅速徹底，防臭、防污效果更佳，噪聲更小。
利用虹吸原理必須滿足三個條件
1、管內先裝滿水(或液體)。
2、管的最高點距上容器的水面高度不得高于大氣壓支持的水柱高度。
3、出水口比上容器的水面必須低。這樣使得出水口液片受到向下的的壓強(大氣壓加水的壓強)大于向上的大氣壓。保證水的流出。
由于壓強差在起作用。當彎管兩側中同一液面的壓強不同時，管中的水(或其它液體)就會向著壓強較小的一側流動。
由于虹吸式馬桶的特殊結構，因此其在使用過程中容易堵塞，為了使的虹吸式馬桶在使用過程中不會被堵塞，因此首先還得要求消費者在使用過程中要養成良好的習慣，對其進行合理的保養。下面是常用的幾種疏通方法。
1、可以找一根半寸寬的竹條伸進馬桶里疏通可以解決問題，在解決問題的過程中一定要謹慎。
2、很多時候馬桶多沖沖水，自己會通了的，尤其如果是泥土、紙一類的可溶或可打散物品的話。如果是油膩住了，那么沖一盆開水下去化開它。
3、買點燒堿，燒開水把燒堿融化，倒入馬桶。過十幾分鐘就什么都通了。
4、買個揣子，自己下手掏。
5、可以買條泥鰍放入蹲便器中，用溫水倒入做便器中，泥鰍遇熱便會拼命往下鉆，來達到通做便器的目的。如果沒有什么硬的東西，一般會通的。
6、那種老式拖帕，把馬桶裝一半的水，然后用拖帕使勁地往洞里壓幾下，動作要快點，靠壓力把它弄通。
7、用一個比較長的軟通氣管插進去，往里邊通氣，然后沖水。
8、你去日用雜貨店購買一個簡易通廁器，往蹲便器倒滿水，然后用通廁器吸盆對準蹲便器口猛抽幾下，是利用其空氣壓力通了的。
9、注滿水，扔幾個肥皂頭進去泡，增大潤滑功能。
10、找疏通管道的專業人士。